Discovering Loci for Breeding Prospective and Phenology in Wheat Mediterranean Landraces by Environmental and eigenGWAS
Visualitza/Obre
Autor/a
Yannam, Venkata Rami Reddy
Marcotuli, Ilaria
Galadeta, Agata
Soriano Soriano, Jose Miguel
Data de publicació
2023-01-15ISSN
1661-6596
Resum
Knowledge of the genetic basis of traits controlling phenology, differentiation patterns, and environmental adaptation is essential to develop new cultivars under climate change conditions. Landrace collections are an appropriate platform to study the hidden variation caused by crop breeding. The use of genome-wide association analysis for phenology, climatic data and differentiation among Mediterranean landraces led to the identification of 651 marker-trait associations that could be grouped in 46 QTL hotspots. A candidate gene analysis using the annotation of the genome sequence of the wheat cultivar ‘Chinese Spring’ detected 1097 gene models within 33 selected QTL hotspots. From all the gene models, 42 were shown to be differentially expressed (upregulated) under abiotic stress conditions, and 9 were selected based on their levels of expression. Different gene families previously reported for their involvement in different stress responses were found (protein kinases, ras-like GTP binding proteins and ethylene-responsive transcription factors). Finally, the synteny analysis in the QTL hotspots regions among the genomes of wheat and other cereal species identified 23, 21 and 7 ortho-QTLs for Brachypodium, rice and maize, respectively, confirming the importance of these loci.
Tipus de document
Article
Versió del document
Versió publicada
Llengua
Anglès
Matèries (CDU)
633 - Cultius i produccions
Pàgines
19
Publicat per
MDPI
Publicat a
International Journal of Molecular Sciences
Citació
Yannam, V., Rufo, R., Marcotuli, I., Gadaleta, A., Lopes, M., & Soriano, J. (2023). Discovering Loci for Breeding Prospective and Phenology in Wheat Mediterranean Landraces by Environmental and eigenGWAS. International Journal Of Molecular Sciences, 24(2), 1700. doi: 10.3390/ijms24021700
Número de l'acord de la subvenció
MINECO/Programa Estatal de I+D+I orientada a los retos de la sociedad/AGL2015-65351-R/ES/Herramientas para la selección asistida por marcadores en programas de mejora de trigo a escala nacional e internacional: Adaptación al cambio climático y calidad industrial/
MICIU/Programa Estatal de generación del conocimiento y fortalecimiento científico y tecnológico del sistema I+D+I/PID2019-109089RB-C31/ES/Mejora de la precisión y eficiencia en la selección de caracteres complejos en la mejora del trigo en ambientes mediterráneos mediante selección asistida y selección genómica/TRENDING_Wheat
Programa
Cultius Extensius Sostenibles
Aquest element apareix en la col·lecció o col·leccions següent(s)
- ARTICLES CIENTÍFICS [2541]
Els següents fitxers sobre la llicència estan associats a aquest element:
Excepte que s'indiqui una altra cosa, la llicència de l'ítem es descriu com http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/