Link-HD: a versatile framework to explore and integrate heterogeneous microbial communities
Visualitza/Obre
Data de publicació
2019-11-18ISSN
1367-4803
Resum
Motivation We present Link-HD, an approach to integrate multiple datasets. Link-HD is a generalization of ‘Structuration des Tableaux A Trois Indices de la Statistique–Analyse Conjointe de Tableaux’, a family of methods designed to integrate information from heterogeneous data. Here, we extend the classical approach to deal with broader datasets (e.g. compositional data), methods for variable selection and taxon-set enrichment analysis. Results The methodology is demonstrated by integrating rumen microbial communities from cows for which methane yield (CH4y) was individually measured. Our approach reproduces the significant link between rumen microbiota structure and CH4 emission. When analyzing the TARA’s ocean data, Link-HD replicates published results, highlighting the relevance of temperature with members of phyla Proteobacteria on the structure and functionality of this ecosystem.
Tipus de document
Article
Versió del document
Versió publicada
Llengua
English
Matèries (CDU)
619 - Veterinària
Pàgines
2
Publicat per
Oxford University Press
Publicat a
Bioinformatics
Citació
Zingaretti, Laura M, Gilles Renand, Diego P Morgavi, and Yuliaxis Ramayo-Caldas. 2019. "Link-HD: A Versatile Framework To Explore And Integrate Heterogeneous Microbial Communities". Bioinformatics. Oxford University Press (OUP). doi:10.1093/bioinformatics/btz862.
Número de l'acord de la subvenció
EC/H2020/665919/EU/Opening Sphere UAB-CEI to PostDoctoral Fellows/P-SPHERE
MINECO/Programa Estatal de fomento de la investigación científica y técnica de excelencia/SEV-2015-0533/ES/ /
Programa
Genètica i Millora Animal
Aquest element apareix en la col·lecció o col·leccions següent(s)
- ARTICLES CIENTÍFICS [2649]
Excepte que s'indiqui una altra cosa, la llicència de l'ítem es descriu com http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/